こんにちわ、Unityエンジニアのオオバです。

※本件は先日リリースされた Unity2017.1f3で修正されていることを確認しました。

The referenced script on this Behaviour (Game Object 'Hoge') is missing!  

Unity外でファイル名を変更などするとmetaファイルが書き換わり、上記のMissingコンポーネントという警告がコンソールに表示されます。

【解決済】Unity2017.1f1ではMissing ComponentをGUIから解決できない件_0

Missingコンポーネント状態になると↑のようにGUI(インスペクタ)上にもその旨が表示されます。

Unity5.6以前であれば、Missingコンポーネント状態がずっとインスペクタに表示されていたと思いますが、Unity2017.1f1では消えてしまいます。

【解決済】Unity2017.1f1ではMissing ComponentをGUIから解決できない件_1

これは非常に厄介な問題で、プレファブまたはシーンファイルをテキストエディタで開き、GUIDをプロジェクト内で検索して存在しなければ削除する、といった作業が発生します。

GUIDで検索する方法はコチラで紹介しています。

Unityでファイルを削除するときに必ずチェックしたい2つのポイント

Prefabの内部構造を調査した記事はコチラ。

Unity Prefabの中身(YAML)を読んで参照関係を正しく理解する

Missing Component自体があまりレアなケースではないため、早々にGUI上で解決出来るようにしてもらいたいです。

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