こんにちは、Unityエンジニアのオオバです。
UnityのPolygonCollider2Dはインスペクタからドラッグで感覚的にコライダーのメッシュを作ることができます。

ピンクの枠部分をクリックすると、シーンビューにコライダーのハンドルが表示されます。

このようにSpriteRendererで表示している2DオブジェクトのPolygonColliderを感覚的に編集することができます。
ここから本題ですが、とある条件でコライダーのハンドルが表示されなくなるトラブルに見舞われます。
インスペクタを複数立ち上げるとダメ
複数のインスペクタウィンドウをUnityエディタ上に作成してしまうと、Unityのバグなのか、うまく動かなくなります。
個人的によくあるケースとしては、インスペクタを複数立ち上げないといけない作業をした後、そのまま放置してしまい、「EditColliderのハンドルが出てこない!!!!」ってなります。
インスペクタ、シーンビュー共に1つずつにしてみる
おそらくEditColliderしたときのイベントがシーンビューにうまく通知していないのかなという予測をたてています。
インスペクタ、シーンビュー共に1つずつにしてあげると、本件のトラブルは避けられるのではないかなと思います。

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